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每年的9月份,成年麦哲伦企鹅便开始着手坐窝,大约经历一个月左右,雌企鹅在10月中旬开始产蛋,一般每窝会有两只,前后间隔四天产下,每枚蛋在125克左右。孵化期一般为39~42天,最初由雌企鹅进行孵化,雄企鹅会离开繁殖区至500千米外的海域觅食,大概经历15天左右的时间,雄企鹅返回接替雌企鹅,改由雌企鹅外出觅食。这样交替进行直至小企鹅出壳。在出生以后,小企鹅需要每天进食,此时企鹅父母会每天轮流到30千米以外的海域进行捕食,早出晚归,共计一个月的时间。一个月以后,小企鹅已经长出了部分羽毛,此时它们已经可以偶尔到窝外活动。在这个阶段,它们的样貌和成年企鹅有显著不同,身体上部为棕灰色下部为乳白色,但此时它们一般仅在窝附近的草丛中活动,以很好的躲避天敌并抵御严寒,因此它们不能像帝企鹅等很多其他很多企鹅一样形成由很多小企鹅聚在一起的托儿所。草丛能够一定程度上帮助小企鹅抵御大风、严寒等多种恶劣天气,但对于某些地区的暴雨、洪水等,草丛也没有用处,不过小企鹅水性很好,很少有溺亡的现象,只是它们的身体很难抵御潮湿和寒冷。本来小企鹅全身的羽毛有一定的防水保温的能力,尤其在干燥季节能够保证体内的水分不会丧失,但它的羽毛却没有成年企鹅很好的防水能力,在暴雨、洪水等来临时,它们对于外部的潮湿寒冷却往往无能为力,体温下降很快,很容易导致死亡。同时,生活在草丛中,它们的身体也容易生长很多寄生虫。雌企鹅一般每次会产下两枚大致相等蛋,如果两枚都孵化成功的话,企鹅夫妇往往会优先饲养首先出世的那只小企鹅,一般后出生的那只小企鹅死亡率比较高。当然,在食物充足的情况下,两只小企鹅都健康成活的可能性也相当大。一般每对企鹅夫妇饲养小企鹅的平均成活率会在1.0~1.6之间,但是在某些食物非常匮乏的地区,如福克兰群岛附近,这个成活率仅为0.5左右。而且在丧失小企鹅之后,在当年,企鹅夫妇也不会再次产蛋孵化。根据食物状况的不同,小企鹅长到羽翼丰满需要要9~17周的时间,此时小企鹅的样貌会更接近成年企鹅,只是羽毛还是略显灰色,而且没有成年企鹅身上的明显的白色带状羽毛。此时,小企鹅平均体重一般在3.3千克左右,但在个别地区,如福克兰群岛附近,由于食物的缺乏,平均体重仅有2.7千克。一般体重低于3千克很难存活,目前福克兰群岛上的小企鹅存活率仅有20%左右。雌性企鹅在四岁达到性成熟,雄性企鹅为五岁,这可能是由于雄性企鹅数量多于雌性企鹅所致,使年轻的雌企鹅比年轻的雄企鹅更容易找到配偶。过往有研究发现它们对伴侣忠贞,每年经长时间分开迁徙后,仍会回到伴侣身边。而麦哲伦企鹅的寿命一般为25年。
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